Το Υπουργείο έχει αναθέσει το σχεδιασμό, την προετοιμασία και την εποπτεία των εξετάσεων στην επταμελή Κεντρική Εξεταστική Επιτροπή (Κ.Ε.Ε.) που απαρτίζεται από έμπειρους, Πανεπιστημιακούς καθηγητές ξενόγλωσσων τμημάτων. Η επιτροπή αυτή έχει διετή θητεία και ορίζεται με υπουργική απόφαση και είναι υπεύθυνη για ζητήματα που αφορούν στη μορφή ή στη δομή της εξέτασης. Η Κ.Ε.Ε. επίσης έχει και έναν συμβουλευτικό ρόλο, ενημερώνοντας το Υπουργείο για την περαιτέρω ανάπτυξη του εξεταστικού συστήματος, για τροποποιήσεις κ.τ.λ. Εκτός από την Κ.Ε.Ε., υπάρχουν και δυο εισηγητές θεμάτων για κάθε γλώσσα. Η επιστημονική ευθύνη για τις εξετάσεις του ΚΠΓ, στις διαφορετικές γλώσσες έχει ανατεθεί στα ξενόγλωσσα τμήματα των Πανεπιστημίων Αθηνών και Θεσσαλονίκης. Tο Πανεπιστήμιο Αθηνών είναι υπεύθυνο για το σχεδιασμό εξετάσεων στην Αγγλική, στη Γερμανική, στην Ισπανική και στην Τουρκική γλώσσα, ενώ το Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης είναι υπεύθυνο για τη Γαλλική και την Ιταλική γλώσσα.
Οι ημερομηνίες στις οποίες διενεργούνται οι εξετάσεις προκηρύσσονται με απόφαση του/της Υπουργού Παιδείας και είθισται να λαμβάνουν χώρα κατά το πρώτο δεκαπενθήμερο του Νοεμβρίου και του Μαΐου. Κατά τη διενέργεια των εξετάσεων, ορίζονται από τη Διεύθυνση Πιστοποίησης της Γνώσης Ξένων Γλωσσών του Υπουργείου τα εξεταστικά κέντρα στα οποία προσέρχονται οι υποψήφιοι. Τα εξεταστικά κέντρα είναι επιλεγμένα δημόσια σχολεία με άρτιο υλικοτεχνικό εξοπλισμό. Εξεταστικά κέντρα ορίζονται σε όλη τη χώρα. Σημειώνεται δε ότι λειτουργούν και δυο ειδικά εξεταστικά κέντρα για άτομα με ειδικές εκπαιδευτικές ανάγκες (ΑΜΕΕΑ) στην Αθήνα και στη Θεσσαλονίκη. Σε κάθε εξεταστικό κέντρο, υπάρχει επιτροπή, η οποία απαρτίζεται από τον/την πρόεδρο, τους γραμματείς, και τους επιτηρητές που εξασφαλίζουν την εύρυθμη λειτουργία του εξεταστικού κέντρου. Τέλος, για τη μετάδοση των θεμάτων στα εξεταστικά κέντρα χρησιμοποιείται η υλικοτεχνική υποδομή των Πανελληνίων εξετάσεων.
Μετά τη διενέργεια των εξετάσεων, λειτουργούν δυο βαθμολογικά κέντρα. Το ένα βρίσκεται στην Αθήνα και στεγάζεται σε ένα ειδικά διαμορφωμένο χώρο του Υπουργείου Παιδείας. Πρόεδρος του βαθμολογικού κέντρου της Αθήνας είναι ο/η πρόεδρος της Κ.Ε.Ε. Το βαθμολογικό κέντρο της Θεσσαλονίκης λειτουργεί σε ένα ειδικά διαμορφωμένο σχολικό κτήριο και πρόεδρός του είναι ο/η αντιπρόεδρος της Κ.Ε.Ε. Τα βαθμολογικά κέντρα συγκεντρώνουν όλα τα τετράδια και τα έντυπα δοκιμασιών και απαντήσεων των υποψηφίων για τις γλώσσες που είναι υπεύθυνα. Σε οργανωτικό επίπεδο, σε κάθε βαθμολογικό κέντρο υπάρχουν συντονιστές της διαδικασίας της βαθμολόγησης, που καθοδηγούν τους βαθμολογητές, υπάρχει επίσης και μια διοικητική επιτροπή και μια γραμματεία, η οποία απαρτίζεται από προϊσταμένους της Διεύθυνσης Πιστοποίησης.
Τέλος, τα δεδομένα της βαθμολογίας τα διαχειρίζεται το τμήμα Μηχανοργάνωσης του Υπουργείου. Τα δεδομένα που συλλέγει τα προωθεί στις Επιστημονικές Ομάδες της κάθε εξεταζόμενης γλώσσας, στην Κεντρική Εξεταστική Επιτροπή και στη Διεύθυνση Πιστοποίησης της Γνώσης Ξένων Γλωσσών. Η έκδοση αποτελεσμάτων γίνεται από το Υπουργείο με πίνακα επιτυχίας, ο οποίος κυρώνεται από τον/την Υπουργό. Με βάση τον πίνακα αυτό, χορηγείται στους επιτυχόντες κάθε επιπέδου, το Κρατικό Πιστοποιητικό Γλωσσομάθειας. Η παραλαβή των πιστοποιητικών γίνεται από τη Διεύθυνση ή το Γραφείο Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης όπου ο/η υποψήφιος/α είχε υποβάλει την αίτησή του/της.
